Auto-immuunziektes zijn ziekten die ontstaan doordat het afweer- of immuunsysteem van het lichaam de eigen cellen en lichaamseigen stoffen gaat aanvallen.
Er sluipt een fout in het systeem waardoor het lichaam antistoffen gaat aanmaken tegen de eigen weefels.
Auto-immuunziektes kunnen optreden in vrijwel elk orgaan maar ook in meerdere organen tegelijk.
Er zijn circa 80 auto-immuunziektes bekend.